ドメイン取得も出来るレンタルサーバ会社も多いですが、レンタルサーバと、

メリット：ドメイン取得が安くできる場合がある

デメリット：管理や設定がめんどくさい

両方行う会社

メリット

全てお任せ出来るので手間が省ける。

会社により、格安でドメインを取得する事が出来る。

ドメインの更新忘れなどがあまり無い。

支払いも一括で済む・・・等

デメリット

ホスティング会社を移転しようとした時に手間が掛かる場合がある。

ドメインのネームサーバ等指定されたモノになり変更しづらい。

別々に行う会社（ドメイン自己取得も含む）

メリット

明瞭会計で比較しやすい。

ドメインのネームサーバや管理者情報等自由に変更出来る。

サーバ移転時に余計な気遣いが必要ない。

デメリット

ドメイン取得する際、高い業者を選んでしまう場合がある。

うっかり失効してしまう可能性もある。

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どっちが良いか。といわれると迷いますが、自分でドメインを

取得するのも面倒というのであれば、一緒に頼んでしまった方が

良いかと思います。ただ「移転時」に手間は掛かる事は間違いないですね。

[メリット]

・サポートはよいが、ドメイン取得料が高いレンタルサーバもあるので、安いところで取得して、それをレンタルサーバに申請する、という方法が取れる。

[デメリット]

・窓口が分かれてしまうので、管理が煩雑になる。

・DNSの設定の際、タイムラグが発生し、繋がらない期間が数日〜数週間できてしまう可能性がある。

・ドメイン取得料が無料のレンタルサーバもあるので、そのメリットが享受できない。

...っと、こんなところでしょうか。

その他のポイントは下記に書いてありましたので、ご参考まで。

実際、ドメイン取得とサーバーのレンタルを別会社でやっていますが、その一番の理由は。値段の安さとドメインの設定条件の違いです。ドメイン取得がもっともやすい会社が、サーバーのレンタル料が一番安いとは限らないからです。また、私が、レンタルしているサーバーは、ひとつのサーバーで、複数のドメインを設定できるなどのサービスがあります。

そういった、条件の違いを考えたら、自然に別会社になりました。

メリットはあまり考えられませんが、ドメイン管理のレジストラを実際にはどこを使っているかということで、特に日本以外のドメインを取得する場合、いい加減なレジストラを使っているとサーバー会社がつぶれたときに対処できないかもしれません。ですからサーバーは値段優先でもドメイン管理は高くても信頼できるところにする、というメリットがあるかと。

それ以外は別にするメリットは感じないです。