こちらは参考になりますでしょうか.
ついでに、ここも。
Mac OS X版のQuickTimeでは、書き出せるのはAVIまでです。WMVはMicrosoftの独自規格なので、エンコードするには同社のライセンスなどが必要なのではないでしょうか。URLはQuickTimeの基本エンコーダを開発している会社ですが、WMVに書き出せるのはWindows版だけです。
QuickTime Proの機能は、基本的には標準版と同じで、単に隠してある機能を解放するだけなので、Proにアップする利点はAVI形式で保存できるだけと考えた方がよいでしょう。
http://pcweb.mycom.co.jp/column/osx/075/
【コラム】OS X ハッキング! (75) OS Xの動画環境を整理する(2) | パソコン | マイコミジャーナル
AVI形式ならば、Windows環境に持って行って、WMVに保存できる映像系ソフトで変換すればよいかと思います。前述の通り、Windows環境であれば、変換は標準的な機能です。
現状では、Mac OS XでWMVに保存するのは無理かと思いますが、Mac OS XではQuickTime以外に、オープンソース系のffmpegが利用できるので、今後はこちらに期待したいと思いますが、やはりWMVのエンコードのライセンスはMicrosoftにあるので、問題は技術的なことだけではないようなので、あまり期待できないような気もします。
ありがとうございました。