独自ドメインを取得してサーバースペースをレンタルした場合、そのスペースに取得したドメインを利用してサブドメインを設定して新しくサイトが立ち上げられます。サブドメインサイトを検索エンジンは、どのように認識するのでしょうか。スパムとして認識されますか。その場合1つでも100個でもスパムサイトとして認識されるのでしょうか？

（検索エンジンにもよると思いますが）検索エンジンとしては特にサブドメインはスパム（本来の意味のSPAMとはちょっと意味合いが違うと思いますが、質問の趣旨としてもSPAM）とは判断せずに、普通のサイト（ドメイン）として扱うと思います。

例えば私の持っている独自ドメインのサイトでは、www.○○○.comでアクセスするのが普通ですが、○○○.comだけでもアクセスできます。

googleでドメイン名を検索すると検索結果ではwww.○○○.comが先に出ますが、○○○.comも直後にでてきます。その後ろには本文に○○○.comのように書かれているほかのページが並んでいます。

順位についてはwww.○○○.comの方がほかのHPからリンクされることが多く、ページランクが○○○.comよりも上になっている、と言う説明がつきます。またほかの普通のホームページが○○○.comという検索結果の後ろに来ていますから、結論としてスパムとしては扱われていないと判断できます。

100個でも基本的に同じだと思います。個々のサブドメインはページランク的に最低ラインで残るのではないでしょうか？

某ドメインにてNameVirtualHost（同一IPアドレス）にて16のサブドメインを１年以上運営しています。

企業サイトで、部門／支社毎にサブドメインを付与しているのですが、現時点ではGoogle/YahooともにSPAMとは判定されていない模様で、あるキーワードの検索結果では上位10サイトのうち7～8をこれらのサイト群が占める結果が表示されます。

度が過ぎるとSPAM判定されるという話は聞いたことがありますが、この程度であればOKということでしょう。

ちなみに、co.jpではなく.comドメインです。

例えば、↑のURLのような場合においてわかると思いますが、各々のサブドメインは別々のサイトとして認識するようです。

場合によってサブドメインであることが認識できることもあるかもしれませんが、基本的にスパムにはならないと思います。

わかりやすい URL にするためにサブドメインをまさに100個使っていますが、検索エンジンスパムとはされていません。

マルチドメインスパムと認定されるのは、まったく同じコンテンツを複製して設置するような場合だけだと思います。

fc2や忍者HP、Seesaaブログ等はサブドメインを腐る程当てています。

また、ライブドアブログも有料ドメインは　livedoor.bizにサブドメインを当てることが多いです。

しかしスパムとは認識されていない”はず”です。(当方は検索エンジンのプログラマーではないので憶測です。)

(Seesaa、fc2がgoogleにインデックスされ難いのは謎ですが。)

サブドメインは別のサイトと扱われていると思います。

でなければサブドメインタイプのレンタルサーバーのユーザーのサイトはスパムになってしまうからです。　数では制限がないかと思います。サブドメインのレンタルサーバー業者では１０万程度の会員があるところもあるからです。