ただし、サイズを指定して切り抜き・分割、手動選択して切り抜き・分割などのソフトではありません。（つまり自動的にコマ・区切り目を認識して別々のファイルとして出力してくれるもの）
有料無料は問いません。
No.1
267
19
50pt
http://www.celsys.co.jp/comicstudio/index.asp
ComicStudio.net
コミックスタジオはいかがでしょうか。
コミックスタジオは漫画を作成するソフトウエアですので、コマをレイヤーに分割・統合するような作業も可能です。
出来上がった漫画をコマ単位に分割するという作業も可能です。
バージョンはデビュー、プロ、EXの三種類がありますが、ご質問のニーズだけでしたらどれをお使いになられてもよろしいかと。
私はコミックスタジオEXの使用経験があります（現行最新バージョン）
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開くの遅れて申し訳ないです。
探していたのはこのようなのです。大変たすかりました。
それでは閉じさせていただきます。