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http://www.fas.harvard.edu/computing/thunderbird/pop.html
Thunderbird: Configuring for POP Mode (FAS Computer Services (HASCS))
試してみましたけど、ずばり、既存の設定を変更することは出来ないみたいですね。新しくIMAP設定のアカウントを追加して（追加する時にはIMAPかPOPか選べますので）、その後POP設定のアカウントを削除します。
SMTPの設定は消えませんのでそのまま使えます。
参考URLはIMAPからPOPの変更例です（英語）。
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なるほどー、残念です＞出来ないみたい。ありがとうございます：）＞URL