ネット上にftpサーバを置いて、数人でファイルサーバとして使っているのですが、このファイルサーバ内のファイルを、Google Desktopの検索対象にすることはできないでしょうか。

http://www.webdrive.com/download/index.html

シェアウェアで30ドル位しますが（20日トライアルは無料）、リンクのソフトウェア"WebDrive"をインストールすればFTPやSFTPドライブにドライブレターをマッピングできて、Google Desktopのぷリファレンスに追加してインデックス＆検索することができました！

実験してみた結果、プリファレンスでパスを追加した後に30分ほどたってやっとCrawlしてくれたのですぐには結果が出ないかもしれませんがお試し下さい。

別の方法としては、普通にSMB共有すればOKですが、パブリックなネットワークを経由する場合はあまり好ましくないかもしれないですね。