たとえば cp はコピーですが、裏ではこういう動きをしてますよー的なことが知りたいのです。
よろしくお願いします。
C(C++)が読めるようでしたら、ソースを直接見られるのが一番的確で勉強になるのではないかと思います。
もしPerlが読めるようでしたら、擬似的にUNIXコマンドを再現しているサイトがあります。こちらはちょっとご質問の意図と違うと思いますが、ご参考までに。
http://www.freebsd.org/cgi/cvsweb.cgi/src/bin/cp/
動作を知るにはソースを読むのが一番確実です。例えばcpならここにソースがあります。ここから、関係のある範囲を順に辿って読んでいけばいいでしょう。
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http://www.ascii.co.jp/books/books/detail/4-7561-4415-2.shtml