チェーンストアに関する質問です。

独立採算性で各店舗が独立しているのならそれぞれに利益があり、課税もそれぞれにされます。チェーン店の多くはそうです。

http://www.jusnet.co.jp/edu/ml/c/e85.shtml

一つの法人が一括で取り締まっているのならその多くは本社が支払うことになりますが、何の利益も無いということは無いです。

商品仕入れの時点で課税されてるわけですから。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%B3%95%E4%BA%BA%E7%A8%8E

2002年度から連結納税制度が導入され、グループ企業がまとめて法人税を納税できるようになり、これによって大企業が節税できるようになった。

法人税の類は本社が払うことになると思います。

しかし土地を利用しているのでその場所で固定資産税などがかかります。

事業所数や人数によって分割納税されます。

詳しくは以下のサイトをご覧下さい。

http://www.tax.metro.tokyo.jp/kazei/houjinji.html