スタッフイットというソフトで暗号化するのはいかがでしょう?
圧縮ソフトですが、暗号化もできます。MacとWinの両方で可能。
WinはStuffIt Deluxe 8.5
512bitの暗号化
http://www.act2.com/news/old/News/041210_SD85.html
MacはStuffIt Deluxe11
256 ビット AESで暗号化です。
プロテクトの意味が良くわかりませんが、暗号化ソフトならアタッシェケースと言うソフトがお勧めですよ。
このソフトを使うとファイルを暗号化できるので、パスワードを知らないと内容を調べることが出来なくなります。
http://www.katch.ne.jp/~kakonacl/douga/himitu/himitu.html
100%というのは無理でしょうが、限りなく100%に近いプロテクトは出来ると思います。
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