同人マンガ史上、非常に有名になったマンガだけを集めた冊子をつくると仮定します。

答えられないし、コメ欄だから気楽に。

古典という意味で聖悠紀の「超人ロック」は必須では。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%B6%85%E4%BA%BA%E3%83%AD%E3%83%83%E3%82%AF
これは今も商業誌で連載されている(さすが不死身)のですが、もともとは同人漫画でした(第1作「ニンバスと負の世界」、第2作「この宇宙に愛を」)。同様にこの漫画に影響されて関西の同人誌で生まれた関あきら「スターシマック」も入れていいかも。

ロリコンものの古典という意味ではたかはしちこ「ミーコメタモルフォセス」かな。これは元祖猫耳漫画であると同時に「えっちしそうでできない」「実は結婚してる」「超能力がらみ」みたいな現在のライトノベルおよびその翻案漫画の要素を全部押さえていました(笑)。

あと作品ではないのですが、商業誌と同人誌のすき間にあった「漫画の手帳」から何作か入れてもいいと思います。小冊子だったので数ページぐらいの漫画やイラストがメインですが。

こおいうのだとTomCatさんが一番詳しそうだけど、彼は当然ながら人数設定に引っ掛かりますね。
「すーぱーＮＹＡＮ・ＮＹＡＮ」の「みーこ」は２０年以上前の作品ですが徳間書店からまとめた物が出版されたので有名ですね。
零細出版社は分類上はどうなるのかな。
光風社とか大正屋とか・・・。

Kumappus様、miharaseihyou様、回答ありがとうございます。
人数設定を外します。
これはちょっと荒れやすい質問なのかもしれないので、どきどきししつつ。
TomCatさんの回答は、たしかに読んでみたいですしね。

どの時代から言及するかでも視点がかなり違ってきますね。

Kumappusさんが聖さんを出されるなら、とりあえず作画グループを言及したいです。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%BD%9C%E7%94%BB%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%83%BC%E3%83%97

ロリコンものの古典はとりあえず吾妻さんからとか、
女性向けなら24年組みのファンサークルあたりからとか…。
源流追求なのか、最盛期の追及なのか。
源流ならそもそも「迷宮」から言及しないとダメかなぁと思ったりもします。
とりあえず現在に近づくほど作品の絶対数が多すぎてしぼれなくなる傾向にあるとも思いますが。

米澤氏（筆名：阿島俊）編の『漫画同人誌エトセトラ』(isbn:4765900487)が参考になるかなと。コミケ最初期から98年までの各時代の同人誌の紹介と同人関連の出来事の記述が詰まっています。コミケ以前の漫画同人誌の概説も。

ところで「同人漫画」というくくりだと石ノ森章太郎『墨汁一滴』（肉筆回覧誌）あたりも入れなきゃでしょうか。というか戦前までたどれるそうです，歴史的には。

myrmecoleon様、ありがとうございます。
「漫画同人誌エトセトラ」ですね。はてなにメモっておきます。
さて、戦前までいくとさすがに・・・という感じです。コミケが始まって以降くらいを想定しています。

http://q.hatena.ne.jp/TomCat/
どうやらＴｏｍＣａｔさんは「夏」が終わって休憩中らしいです。米澤さんが逝かれた後で、最初の「夏」でしたから。

miharaseihyou様、ありがとうございます。
米澤さんって誰のことですか？

ご指名ありがとうございます。miharaseihyouさん、ご連絡ありがとうございました。

で、自分自身でも色々考えて、友人ともちょっと話し合ったりしてみたのですが、こりゃ難しいですね。難問です。

同人というのは元来が一人一ジャンルとも言えるほどに細分化された世界で、アニパロ一つをとってみても、同じ作品をベースにした物でも嗜好が違えばもう異空間という俺様的世界ですから、同人界全体に名を馳せたもの、というのは非常に挙げにくいんですよ。

また最近は、名を馳せた作品ほど、
・商業メディアに紹介されてから知名度を上げてきた、
・あるいは本という形をとらないWebマンガだったから有名になった、
といった傾向が強くなっていますから、何をもって同人マンガというのか、こうした幅広い作品群も含めて考えていいのか、それとも基本的に即売会で頒布される紙媒体で発表された物のみで論ずるべきなのか、と言ったあたりの判断も難しいのが正直な所です。

そこで、あくまでもし私が勝手に同人の歴史本を作るとしたら、といった観点で考えるとすれば、なのですが・・・・。

まず歴史的価値で考えると、高河ゆんの存在が挙げられるでしょう。
・「様」付けでよばれるほどのカリスマ性をもって同人界に君臨。
・商業誌移行後も同人活動を優先して編集者を振り回し、編集に使役されるのが漫画家という図式をくつがえして商業編集者の上にも君臨（笑）。
・蛍光ピンク、蛍光オレンジといった印刷上の特殊色を流行らせた第一人者。
といった点が特筆です。ただ、この人の個別作品は挙げにくい・・・・。なんたって商業誌ですらまともに完結していない作品を頻発させている多作な方ですから・・・・ｗ

続いて、同人界に新たな転機を呼び込んだという点で、さいとうたかを大先生の奥様であり、ご自身ももちろんベテラン漫画家でいらっしゃるセツコ・山田先生。
娘さんが親には言えないようなジャンル（笑）でコミケ常連。それを知ったお母様が、私も同人誌を作ると言い出して、なんと猫マンガでコミケに参戦。世代間のギャップもなんのその、自らスペースに座り「猫おばさん」として人気を博するその姿は、同人という世界が幅広い年代層に広がっていく草分けとなりました。
代表作は「つれづれ猫日記」シリーズ。愛猫たちとの日常をほのぼのと描く4コマ集です。

Web公開で注目を集めて知名度を高めた作品としては、ちまきing氏の「あふがにすタン」。擬人化の先駆けとしても注目できる作品です。
チビでドジで、でも一所懸命でけなげな萌え要素満載の「あふがにすタン」と、タカビーだけど彼女ののことを何かと気に掛ける「ぱきすタン」、そして様々な隣国の擬人化少女達を絡めた世界史4コマ。
これは公開後に商業誌として刊行されていますが、初出がWebによる自主公開だったこと、ちまきing氏がコミケ常連の同人作家だったことから、これも同人マンガに含めていいでしょう。

最後に、これは同人マンガと言っていいのか非常に微妙ですが、2chで大きな話題を呼び、後に商業メディアから書籍化や映画化もされたものを、改めて2ちゃんねらーの視点からコミック化して話題を呼んだ、YOKO氏のWebマンガ「痴漢男」。
作品の知名度としては、おそらく近年のトップクラスに位置すると言って差し支えないでしょう。もちろんそれは先に商業メディアが書籍化や映画化を行ったからその知名度に乗ったということもあるでしょうが、元スレを知っている人の多くがYOKO氏の「痴漢男」が一番であると評価するなど、もはや商業作品の方が亜流の扱いと言っていい状況ではないかと思います。
ただ、作者のYOKO氏はいわゆる同人作家というより、プロ志望の方なんですよね。既に著名雑誌の漫画賞にも何度も入選している模様です。というわけで、自主公開とはいえ、媒体もWebだし、はたしてこれをいわゆる同人マンガの範疇に入れていいものかどうかは微妙です。でも私が同人の歴史をまとめるなら、これは必ず入れるでしょうということで。

というわけで、回答として書くには不確定要素が多すぎますので、ご参考までということでこちらに書いておきますね。もちろん回答は出来る状態になっていますが（笑）

米澤さんはコミケットの元代表ですよ～。つい最近亡くなられました……。

TomCat様、お忙しい中、長文の長いコメントありがとうございます。細分化が進み回答が難しい中、たいへん勉強になりました。

arugha_satoru様、了解です。ありがとうございます。

女性同人方面からだと高河ゆん、CLAMPが出るならば尾崎南「独占欲」は外せないと思いますがとりあえずコメントで。
http://blog.livedoor.jp/moepre/archives/50111426.html

　フデコ物語という作品名だったのか、知らなかった……あれも挙げておきたい作品の一つですね。
　あと、今は載ってるかどうか解りませんが新田真子のコミケカタログに載ってた漫画も有名だと思います。タイトルが解らないのであれですが……。挙げようと思ってたら終了してました。タイトル解りませんしね。

　あとは女性向けと言えばえみくりですかね。尾崎南とCLAMP、高河ゆんが出るなら外せないでしょう。ただ商業では成功した作家と言えるのかどうか怪しいです。今も活動してるのかな？

同人誌の世界は地方在住の漫画ファンにとっては見えそうで見えない世界です。完成度は低いし完結していない作品も多い。何よりナマの情報の塊とパロディーが混じり合っていて魅力が理解しにくい。そして作品を注文しようにもチャンネルが無い。
商業誌を漁りながらも時々見え隠れするオリジナリティーの発信源は、多くが同人であったような気がします。そうでなければ説明の付かない感覚が相当にありました。「萌え」や「メガネっ子」、「メイド」、「ゴスロリ」、「ネコ」そして「コスプレ」。作画グループが同人だとすれば「エスパー」もそうかな。
kokkuriさんのあげられた冨樫義博氏の事情には納得させられます。彼の作品では「幽遊白書」よりも前作の「てんで性悪キューピッド」のほうが魅力的です。幽遊白書になってから急速に衰えていく彼のオリジナリティーは無惨でした。
某漫画家の四コマに鉄甲無敵まんが家と編集者の合体というのがあるのですが、落ちは同人誌なのですね。しかし商業ベースには乗らないのは覚悟しなければならないのでしょう。
魅力ある作品の源泉は個人の欲望です。画一化された社会にあってもバラエティーに富んだオリジナリティーの発信源として、今後とも同人が健在であって欲しいと思います。