LinuxでCUIで使えるmp3もしくはWAVの切り取りなどの加工ソフトを探しています。（使い方、コマンドも）

ffmpegのGUIが一番いいと思います。

http://oss.moongift.jp/intro/i-3339.html

SoXでできると思います。

sox infile.wav outfile.wav trim 1 10

のように使うと、infile.wavの開始1秒目から10秒分の音声を切り出してoutfile.wavに出力します。開始点、切り出しの長さは小数点以下も指定できます。

mp3 の切り取りの場合, cutmp3 というものがあります.

ウェブサイトは, ↓ここになります.

cutmp3 - a small mp3 editor

http://www.puchalla-online.de/cutmp3.html

切り取る範囲を開始時間と終了時間で指定して使います.

例えば, 以下のようなかんじです.

$ cutmp3 -i input.mp3 -a 1:00 -b 2:00 -O out.mp3

input.mp3 が入力ファイル.

out.mp3 が出力ファイル名です.

この場合, 1分から2分の間を抽出し, out.mp3 とします.

おそらく, sox と似たコマンド(sox が wav で cutmp3 が mp3)なんだと思います.