1枚1データとなっているA4サイズのTIFデータが1000個あります。

フォトショップのバッチ処理なら

▽１枚目を開く

▽左に９０度回転させる

▽サイズ変更（？）で、上に白台紙ができるようにＡ３サイズに変更する

▽２枚目を開く

▽２枚目を左に９０度回転させる

▽２枚目をコピーする

▽２枚目を閉じる

▽１枚目がアクティブだと思うので、貼り付ける。

▽保存する

手元にフォトショップがないため、

ファイル名をどうやって指定するかまでは答えることができずすみません。

PhotoShopのバッチとWindowsのバッチ（WSH）を組み合わせてやればできます。

次のソースをxxxx.vbsで保存してダブルクリックして動かして見てください。

PhotoShopのバッチは、入力をa.tif, b.tifとして、出力はz.tif固定として記録してください。

４ページにしたいときには、定義部分にc.tif, d.tifなどを入れれば、４ページずつを１つにするように動きます。

（ファイル名とフォルダ、Photoshop起動名とパラメータは適宜変更ください）

Option Explicit
'統合のためにファイルを作業フォルダへ移動してアプリを起動する

Const sExeName = "C:\WINDOWS\system32\notepad.exe"  ' ★テスト時はメモ帳→Photoshopの起動ダイレクトパスとバッチファイル名にする
' メイン
' PhotoShopから見たTIFフォルダ、Inフォルダ、Outファイル名
Call IntegrateFiles("C:\photoS\TIFs", _
                    "C:\photoS\IN", _
                    "C:\photoS\z.TIF")

Sub IntegrateFiles(sTIFFolder, sInFolder, sOutFile)

    Dim objShell, objFSO, objFolder, objFile, objOutFile
    Dim vWork, sInFiles, iFileNo, iCnt
    
    If Msgbox(sInFolder & "の処理をしますか？", vbOKCancel) <> vbOK Then
        Exit Sub
    End If
    Set objShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
    Set objFSO = Wscript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
    Set objFolder = objFSO.GetFolder(sTIFFolder)

    ' バッチの入力ファイル名を区切って指定
    sInFiles = Array("a.TIF", "b.TIF")  ' ★
    iCnt = UBound(sInFiles) + 1

    'ファイルを指定フォルダへ指定個数分ずつ移動してアプリを起動する
    iFileNo = 1
    For Each objFile In objFolder.Files
        ' PhotoShop用入力ファイル名に変更
        objFile.Copy sInFolder & "\" & sInFiles((iFileNo - 1) Mod iCnt), True
        If iFileNo Mod iCnt = 0 Then
            ' PhotoShopのバッチを実行して、結果ファイル名を変更
            objShell.Run sExeName, 1, True
            set objOutFile = objFSO.GetFile(sOutFile)
            objOutFile.Name = Format(iFileNo / iCnt, "0000") & ".TIF"
        End If
        iFileNo = iFileNo + 1
    Next
    Wscript.Echo "作成終了"

    Set objOutFile = Nothing
    Set objFile = Nothing
    Set objFolder = Nothing
    Set objFSO = Nothing
    Set objShell = Nothing

End Sub

' 簡易Format関数(WSHにはFormat関数がない)
Function Format(iVal, sLen)
    Dim i
    Format = ""
    For i=1 to Len(sLen)
        Format = ival Mod 10 & Format
        ival = Int(ival / 10)
    Next
End Function

P.S.　Windowsですよね？（大きな勘違いだったりして・・・）