RubyのCGI.escapeHTMLを使うと数値文字参照と文字実体参照の&もエンコードされてしまうのですが、これらをエンコードしない他のライブラリはありませんか？

escapeHTMLはcgi.rbの中を見ていただければ分かりますが、gsubで変換しているだけです。

正規表現の否定先読みを使い、除外したいものを指定すれば良いはずです。

def escapeHTML(string)
  string.gsub(/&(?!(?:amp|quot|lt|gt|#(?:\d+|x[0-9a-f]+));)/n, '&amp;').gsub(/\"/n, '&quot;').gsub(/>/n, '&gt;').gsub(/</n, '&lt;')
end

ちょっと正確か自信がないのですが、イメージは伝わると思い、回答いたしました。

参考にしてみてください。

• 正規表現 - Rubyリファレンスマニュアル