大学のvineを使ってyaplot（http://www2.chem.nagoya-u.ac.jp/theochem/wiki/wiki.cgi/matto?page=yaplot+(en)）というソフトを使ってアニメを作っていましたが、できれば持ってるwindowsマシンで作れないかと思ってます。
お使いのアプリケーション、使ってたアプリケーションがありましたら、教えてください。
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35pt
3次元ならPOV-Ray(フリー)がおすすめです。
日本語での解説は以下のサイトがいい感じです。楽しく読めますよ。
-->> 超入門!! POV-RayでCGアート「新、おいしいイクラ丼の作り方。」
動画を作りたいなら，ROV-Rayの描画ファイルを時系列に書き出して，一気にPOV-Rayでレンダリングして，そのあとはJPG2AVI(フリー)あたりを使って動画にすれば楽ちんです。以上の作業はWindows上で可能です(Cygwinとかも要りません)。
参考までに，以前私が上記のやり方でPOV-Rayを使って作ったアニメーションを貼っておきます。DEMというMDの派生みたいなシミュレーションの動作確認で作ったものです。DEMはMDの粒子間力とかを考えず，衝突のみ考えているような内容です(ご存じかも知れませんが･･･)。
-->> Simple 3D DEM
何かのお役に立てれば幸いです。うまくいくといいですね。
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かなりきれいな動画が作れますね。
それに座標指定というのがやりやすいですね。
一度使ってみます。
ありがとうございます。