はてなダイアリーのデザインについて質問です。

ご希望されている配置には、要素の絶対配置が便利です。例えば「詳細デザイン設定」の「ページのヘッダ」と「スタイルシート」にそれぞれ以下のように記述すると、Amazonのサーチリンクをページ右上に表示することができます。

ページのヘッダ

<div class="searchlink">
  <iframe src="http://rcm-jp.amazon.co.jp/e/cm?t=akkunhobby-22&o=9&p=20&l=qs1&f=ifr" width="120" height="90" frameborder="0" scrolling="no"></iframe>
</div>
<div class="main">

スタイルシート

div.searchlink {
  position: absolute; /* 絶対配置（基準はこの場合 div.hatena-body） */
  top: -50px;  /* div.hatena-body の上辺から-50px下＝50px上 */
  right: 20px; /* div.hatena-body の右辺から20px左 */
}