Ubuntuを使用しているのですが2つ質問をさせてください。

xmodmapという仕組みを調べてみてください。たぶんできます。

• Ubuntu 側で、synergyc は本当に起動していますか。
• 端末から起動してみても、通信出来ませんか。

これは、synergyc を端末から起動してうまくいった場合ですが、

参照サイトの

SYNERGYC=`gdmwhich synergyc`
if [ x$SYNERGYC != x ] ; then
        $SYNERGYC <address of server machine>
fi

の gdmwhich を which にすると幸せになれるかもしれません。

• ダメなら、サーバの設定を見直してください。ホスト名を使っている場合は注意が必要です。

• 最終手段は、サーバとクライアントとの入れ替えです。これでうまくいった例（後輩）があります。Ubuntu のほうが再起動要求がウザくないので実はお薦めですが、Windows ログイン時のクライアント起動がめんどくさかったような記憶が……