JavaScriptからCGIを起動する際に、mod_rewriteは使用できるでしょうか？

JavaScriptからCGIを起動する際に、セキュリティの観点からCGIのファイル名
を隠したいと考えています。そこで、mod_rewriteを使用したいのですが、
どうもうまくいきません。

mod_rewriteなしで、
<script src='test.cgi?id' type=text/javascript></script>
をdocument.writeした場合には問題なくCGIが起動されました。
しかし、mod_rewriteをした場合にはうまくいきません。

問題が私のmod_rewriteの設定にあるのかもしれませんが、そもそも、
scriptタグで呼ばれたcgiファイルもrewriteしてくれるのか経験がある
方がいましたら教えてください。

どうぞ、よろしくお願いいたします。