FreeBSDにてRead-only file systemというエラーが出てファイルを置く事ができません。

/usrがread only mountされていませんか？

mount を実行して、/usrパーティションの属性にread onlyとかかれていないか調べてください。

mount -w -u /usr

とすれば書き込み可でmountしなおします。

それは、/usr/portsか/usr/ports/distfilesが/backupのほうにsymbolic linkが張られているとかいう理由ではないでしょうか。

read-only mountされている/backupについて、mount -u -w /backupすればなんとなく大丈夫そうですが、/backupをread-onlyになっている理由はあると思うので、注意は必要だろうと思います。

というか、非常にお節介ですが、結構危険なオペレーションなので、内容理解されてから操作したほうがいいと思います。

たぶん http://www.rapidsite.jp/product/vps/ のVPSだと思うのですが。

そこは/usr/ports以下をreadonlyで全仮想環境で共通に管理しているはずです。

それだと/usr/ports/distfilesにソースコードをfetchできませんので/etc/make.confなどにWRKDIRPREFIX環境変数を「/var/なんちゃら」として設定されていて、そっちにソースを置くようになっていると思います。

つまりjdk1.6のソースはそこにcdしてfetchすればOkです。

make.confを見ると以下のような記述でした。

WRKDIRPREFIX=/var/build

DISTDIR=/var/distfiles

そのmake.confだとDISTDIRがソースコードを保存しておくディレクトリなので

cd /var/distfiles

fetch http://www.java.net/download/jdk6/6u3/promoted/b05/jdk-6u3-fcs-s...

とすれば良いと思います。

つまりFreeBSD HandBookやその他ドキュメントで説明に出てくる「/usr/ports/distfiles」を「/var/distfiles」と置き換えて読み取ればOkです。