やよい青色申告の科目残高入力について質問です。

現金　50,000

預金　16,071,323 / 借入金20,000,000

借方　16,121,323

貸方　20,000,000

で差額　3,878,677

これは、当期純利益　△3,878,677となります

資産/負債

　　/資本

という形になりますので、

現金　50,000　　　/ 借入金20,000,000

預金　16,071,323 / 当期純利益　△3,878,677

ですが、株式会社の資本金にあたる元入金というものがあると思いますので、

その部分の数字がないのが気になります。

恐らく、これで全ての金額ではないでしょうし、そこにもミスがあるかもしれません。

左右の数字の合計が合致している必要があるのですが、

融資の分は、

使用した費用3,878,677

現金預金16,121,323　/　融資20,000,000

という入力にされましたでしょうか？

*これは最終的な結果で、実際の仕訳はここに利息などかかりますし、最初は手数料を覗くと現金預金扱いで入金されます。その中から、費用/現金という仕訳が追加されますので、これは合算された表記です。

このようになっていれば、20,000,000という金額が中に浮くわけはないのですが・・・。

最初は現金/借入金

そのあとは

費用/現金

返済（借入金）/現金

と現金の一部が減っていきます。

借入金の返済は一度もされていないのでしょうか？

自分で仕訳を入れていれば、左右あわない数字で入力は不可能ですので、

もしかしたら、それ以外に自分で数字をいれる場所がないでしょうか？

開始の数字を自分で入れられたりすると、入れている数字のどこかが間違っていることになります。

＞ちなみに会社形態でなく個人事業主です。

そうですね。

青色申告は個人事業主しか使えないので、記載のとおり、その差額は記載のとおり元入金になります。

自分で直接入力する場所があるのでしたら、そこに入れるといいです

＞貸借バランスは-20,000,000

差額が-2000万という意味がちょっとわからないのですが・・・。

期首の段階でこれだけミスがあるのでしょうか？

記載されたのをみても、

借方合計と貸方合計の差額は3,878,677円ですし、なぜこのような表示がでてくるのかがわかりません。

入力をしたあとに、期首または開始で-2000万あわないですよとエラーがでるのでしょうか？

とりあえず、上記の記載方法で試してみて下さい。