お気持ちのみですが、今回急ぎのため合計で1000ポイント程差し上げます。

以下、Pythonで作成した例です。

60秒間隔で指定したフォルダのCSVファイルをチェックし、ファイルが２つ以上存在する場合は追加されたと判断し、マスタCSV以外の中身を末尾に追加します。

# coding: utf-8
import os,glob,time
def check():
    #監視フォルダ
    dn = "/var/ftp/usrid"
    #マスタCSV
    mfn = os.path.join(dn,"master.csv")
    #フォルダ内のCSVファイル一覧
    l = glob.glob(os.path.join(dn,"*.csv"))
    #ファイル数が2以上なら追加
    if len(l)>=2:
        fp=open(mfn,"a+")
        for r in l:
            if r==mfn:
                continue
            data = open(r).read()
            fp.write(data)
            os.remove(r)
        fp.close()
if __name__=="__main__":
    while 1:
        check()
        time.sleep(60)

上記内容を、適当なファイル名(例：check.py)として保存します。

そして、

$ python check.py &

などとして、プログラムをバックグラウンドで実行すれば「master.csv」にその他のCSVファイルの内容がそのまま追加されます。

※

フォルダ内にCSVファイル以外のファイルやフォルダがないことを前提に作成しています。

また、十分な動作検証はしていませんのでご自分で動作の確認をしてください。

（上記スクリプトによって何かあっても責任は持てませんのでよろしくお願いします。）

＞場所はどこにおけば良いでしょうか？サーバー上のcsvが存在するフォルダですか？

場所はどこでも大丈夫です。ただし、CSVとは別のフォルダにしてください。

※先程書き忘れたのですが、保存する際は「監視フォルダ」と「マスタCSV」を環境に合わせて必ず修正してください。

また、複数のフォルダを監視したい場合はこのスクリプトを複数作成し、「監視フォルダ」と「マスタCSV」の箇所のみ書き換えてください。

＞この方法が分からないので、教えて頂けませんか？サーバーのバックグラウンドで実行するのでしょうか。

SSHでログインして、ファイルを保存したフォルダで上記のコマンドを実行します。

＞また、CoreServerは1時間以内のcronの実行が許可されていないようですが、上記方法はそれを回避するものでしょうか。尚、更新は1時間でも構いません。

この方法はcronを使うわけではないので、この制限には引っかからないと思います。（もし他にプログラムの実行に関する制限がある場合は確認が必要かもしれません。）

またcronを使用して１時間に１回の実行でよいのであれば、

if __name__=="__main__":
    while 1:
        check()
        time.sleep(60)

を、

if __name__=="__main__":
    check()

に書き換えて、cronに登録してください。(こちらのほうがプログラムの停止の心配が少ないです）

$ crontab -e
0 * * * * python プログラムのフルパス

シェルスクリプトでも可能な気がします。手順は以下の通りです。

1. サーバー上にcheck.shという名前で以下の内容のファイルを作ります。

/home/yourid/の部分はサーバのホームディレクトリなどに書き換えてください。

#!/bin/bash

WORKDIR=/home/yourid/data # 監視ディレクトリ

BACKDIR=/home/yourid/back # 処理済ファイル保管場所

LOGFILE=/home/yourid/log.txt # 処理結果ログファイル名

INPUT=*.csv

OUTPUT=MasterTest.csv

cd $WORKDIR

find $INPUT \! -name $OUTPUT -exec cat {} >> $OUTPUT \; 2>/dev/null

find $INPUT \! -name $OUTPUT -exec echo `date` {} "を処理しました" >> $LOGFILE \; 2>/dev/null

find $INPUT \! -name $OUTPUT -exec mv {} $BACKDIR \; 2>/dev/null

## find $INPUT \! -name $OUTPUT -exec rm {} \; 2>/dev/null

2. SSHでログインして実行権限をつける

$ chmod +x check.sh

3. dataディレクトリとbackディレクトリを作る

$ mkdir data

$ mkdir back

4. 手動で実験してOKならCRONに登録する

$ ./check.sh

log.txtに処理結果が記録されます。

一応末尾に追加するファイルをbackディレクトリに移動して保存していますが、不要でしたらcheck.shの末尾部分を

## find $INPUT \! -name $OUTPUT -exec mv {} $BACKDIR \; 2>/dev/null

find $INPUT \! -name $OUTPUT -exec rm {} \; 2>/dev/null

このように変更してください。

なるほどSSHは避けたいのですね。

>上記プログラムのうち、SSHでのログイン＆実行は、確認のためだけでしょうか？

SSH以外で、ディレクトリを作ることが可能であれば特にSSHである必要はありません。

シェルスクリプトは check.shをcronに設定するだけでも動作すると思います。

以下の二つを試してみてください

・check.shの 2>/dev/null という文字列を全部削除する。

・「/virtual/・・・/files/csv/tts1」フォルダのパーミッションをグループ・その他とも実行・読み込み・書き込みを出来るようにする

パーミッションの変更については、CORESERVERのファイルマネージャ(?)のヘルプを参照してみてください。

もし、FFFTPを使用しているのであれば

FFFTP　パーミッション設定方法

こちらを参考にしてみてください。

これまで回答されたものとは全く異なるアプローチですが、もしウェブサーバを利用できる環境であれば、

WEB を使用した更新というのもありかと思います。

下記はファイルをウェブ画面よりアップロードし、その際にマスタファイルに追記しています。

アップロードしたファイルは指定フォルダに蓄積されていき、当日アップロードされたものが画面上に

リストされるようにしています。

Webサーバの CGIフォルダ（cgi-bin 等）に下記をupload.cgi 等で保存し、ブラウザで

http://サーバ名/cgi-bin/upload.cgi

のようにしてアクセスします。

コードは下記をベースに、カスタマイズしています。

http://nais.to/~yto/tools/ssupload/

詳細の設定方法は、お使いのサーバでご確認ください。

#!/usr/bin/env perl
use strict;
use CGI;
use CGI::Carp qw(fatalsToBrowser);
use POSIX qw(strftime);
use File::Spec;

my $q = new CGI;

print $q->header(-charset => 'Shift-JIS'), $q->start_html();

#----------------------------------------------------------------
# ★★★実際のファイルパスに変更
#----------------------------------------------------------------
my $outputdir = "/home/database/log";               # ファイルを置く先 (ディレクトリ)
my $masterCsv = "/home/database/masterTest.csv";    # アップロードしたファイルを追加先ファイル


my $fh = $q->param('uploaded_file');
my ($mvolume,$mdirectories,$mfile) = File::Spec->splitpath( $masterCsv );

if ($fh ne "") {
    my $timestamp = strftime "%y%m%d%H%M%S", localtime;
    my ($avolume,$adirectories,$afile) = File::Spec->splitpath( $fh );
    my $outputfn = "$outputdir/${timestamp}_$afile";

    open( IF, "> $outputfn") or die;
    open( AF, " >> $masterCsv" ) or die;

    flock(F, 2);
    if (defined $fh) {
        while (<$fh>) {
            print F $_;
            print AF $_;
        }
    }
    close F;
    close AF;
    print qq{<a href="$outputfn">$afile</a> を $mfile に追記しました。};
}

$q->delete_all();

print qq(<p><a href="@{[$q->self_url]}">RELOAD</a></p>);

print $q->start_multipart_form(-name => 'myform'),
    "FILE ", $q->filefield(-name => 'uploaded_file'), $q->submit("OK"),
    $q->endform;
my $today = strftime "%y%m%d", localtime;
my @fl = reverse <$outputdir/${today}*>;
my @fll = map { my ($avolume,$adirectories,$afile) = File::Spec->splitpath( $_ ); $afile } @fl;
print "<ul>", (map {qq(<li><a href="$_" target="_blank">$_</a> )} @fll), "</ul>";

print $q->end_html(), "\n";

実行画面

ただ、これはだれでもアクセスできてしまうので、インタネット上で運用する場合は、Basic 認証等で

アクセスを制限したほうがよいでしょう。

http://allabout.co.jp/internet/hpcreate/closeup/CU20020910A/