Warning: fopen(test.pdf): failed to open stream: Permission denied in /usr/local/lib/php/fpdf/fpdf.php on line 1044
FPDF error: Unable to create output file: test.pdf
権限の問題だと思うのですが色々と変更しても解決しません。
OSはFreeBSDになります。
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fpdf の Output メソッドを使って "test.pdf" を保存しようとしている行があるはずです。そのときの保存先ディレクトリが書き込み許可されていないと思われます。
PHPがどの権限で実行されているか分からないのですが、とりあえずパーミッションを 774 にしてみてください。⇒（参考）Linux パーミッションについて
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いつもありがとうございます。
保存先のディレクトリのパーミッションを変更したらあさっりいけました。
pearに設置したディレクトリばかり気にしてました・・・。