Windowsのサービス制御マネージャーで「依存関係」タブを選択するとサービスが停止する不具合のあるソフトウェアがたまにありましたが、この事象についての詳細や解決方法についてMicrosoftのサイト等で明記されているでしょうか。
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以前，Windows 2000 Server を管理していたときはそのような不具合には出会わなかったので，具体的にどのサービスで発生するのか判らないので直接的な回答ではないのですが，
1．マイクロソフト以外が作ったサービス（プログラム）で発生するのであれば，そのベンダーに問い合わせるのが良いと思います。
2．Windows 2000 のサポートは，2010年 7月で完全に終了します。これからも使い続けるのであれば，Windows Server 2003 や 2008 にアップグレードしたほうが良いと思います。
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セイコープレシジョン社のwinsntpだったのですが、ほかにも当時のソフトウェアで同じ事象があったようでどうやって解決したのか知りたかったのです。
ちなみにセイコー社の方はサポートが終了してしまって問い合わせができなくなってました。
Windows 2000 のサポートがきれる前にアップグレードして、ソフトウェアもそれに応じたものを採用することで解決できそうです。
ありがとうございました。