会社の社長ブログが今日何の前触れもなく急に削除されました。

こちらの一番下のところで

http://fc2frozen.blog79.fc2.com/blog-entry-1.html

＞FC2から一方的に凍結されたユーザーさんの記事

のリンクが出ています。

同じ方が多く居るようです

http://oirareborn.blog87.fc2.com/blog-entry-1.html

このように再開される例もあるようですが、稀かもしれません。

何も身に覚えが無いとのことですが、たとえば、記事の中で、著作権侵害になるような書き方をしてしまっていたりはしませんでしたか？

細かい部分で相手側（著作権を持っている側から）から何らかの問い合わせがfc2にあったかもしれないですし、ただ実際の理由は開示されないとのことですので（上のブログを読むに）はっきりしたことは解らないかもしれません

ブログを復活させる、また今後こういったことに会わない為には

どうしたらいいでしょうか？

やはり独自ドメイン＆レンタルサーバ下でブログを運営するべきかと思います。

基本的にはブログの管理も責任も自分で行うので、レンサバの規約に違反していない限り削除されることはありません。

もし本当にそれだけであれば、利用規約の禁止事項にある

本人以外の個人や会社、組織を名乗ったり、事実がないにも関わらず他の人物や会社、組織と業務提携や協力関係があると偽ったり、またはそれ相応の行為

と間違われた可能性がありますね。

FC2はよく消されます

アクセスが全くなかったり、更新を1ヶ月以上行わなかったら随時消されますよ

まあ、誰かからの通報があったんでしょう。

確かにFC2は自由度が高く使いやすいですが、

大切な部ログであれば有料のブログに

変更したほうがいいでしょう。

あと、どこまで教えてくれるかわかりませんが、

きっちり問い合わせてみたほうがいいですよ。（素直に）

ユーザーからの削除要請があったのだろうと思います。

アフィリエイト自体は全く問題ありません。

ビジネスの仕方、商材などが反社会的であると一般評価が下されている場合も可能性としてはあります。