WindowsマシンのアパッチでCGIのパミッションなんてありません。
FFFTPでも設定できません。
それはUNIX系の話です。
Windows apache CGI で検索すればいろいろ出てきます
http://www.futomi.com/lecture/apache/config.html
このあたりを参考にしてください。
既に回答があると思いますが、WinOSにはUNIXやLinuxにおけるパーミッションの概念はなく
WinOS上で動作するサーバもパーミッションを必要としません。
(正確にはWinProなどでは権限の設定で実行できないようになどはできるけどそれは別の話)
HTTPDによっては独自の方法でWinOS上のパーミッション管理を再現している場合もあるよう
ですが基本は、パーミッションは無視していいと思います。
CGIっていっても言語に何を使用するかによっても設定が変わってくると思いますが、
基本的にはPerl CGIが無難でしょう。
(正確にはPerl CGIだといろいろ問題があるのでほとんどの場合はmod_perlが利用され、
これをCGIと呼んでることが多いと思いますけど)
PerlをインストールしていてPerlの動作確認済みでなおかつApache上でmod_perlを
利用可能にしているにもかかわらずパーミッションエラーでCGIが実行できない場合は、
先頭行のPerlパスを確認しましょう。
Win版Apacheではここのパスが間違っているとパーミッションエラーを起こすようです。
(多くの移植ものでないWin専用デーモンだとシェバングは不要というか無視されるよう
なんですけどね)
はっきり言ってApacheはUnix系OS向けに作られたデーモンなので、WinOS上ではあまり
使い勝手もよくなく、Apacheを使う意味があまりないかなとも思います。
ただ、知名度やら情報の多さではやはりApacheに敵うものはないですね。
インストールしたApacheやActivePerlのバージョンなどにもよりますが、解説サイト
いろいろ見て回ったらどうでしょうか。
(例)
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