下記手順でメッセージの保存先を参照してください
ツール → アカウント設定 →ローカルフォルダ →アカウント →サーバ設定
複数のメールアカウントを登録してある場合、保存先は2箇所以上になっている場合もあります
Thunderbird3.1.4ですが、特に設定しなければ以下のフォルダになります。
Documents and Settingsの下のフォルダはAdministrator権限でシステムフォルダを参照できるように変更しないと見えないかもしれません。
C:\Documents and Settings\ログイン名\Application Data\Thunderbird\Profiles\なんたらかんたら英数字.default\Mail\POPサーバ名\Inbox
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