しかし、2.0のSWFを合成なんてことは出来るものなのでしょうか？
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「合成」という言葉の定義が曖昧ですが、もし同じタイムライン上に重ねたいという意味でしたら、swfレベルではできません。
flaレベルで「合成」する必要があります。
参考「Flash Lite とは 」
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合成の意味あいがよくわからないので、もう少し何をやりたいのかが明確になるとよいのですが…
とりあえず、flash lite 2.0で作られたswfファイルをxmlに変換して、
合成？を行ってxmlからswfファイルに変換してあげるだけだと思います。
swfmill自体は2.0以降も対応しています。
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二点回答を頂いておりますが
http://swfmill.org/
を利用して、サーバーサイドのミドルウェアを使用しての合成という意味合いです。