そういった際、システムを提供している会社（楽天、エクスペディアなど）と取引をすることになると思うのですが、お金の流れはどんな感じになるのでしょうか。
通常でしたら、公開されているAPIを利用するといった程度になるのかと思いますが、そこそこ流入があるとなるとシステム会社にもメリットが多いはずなので、システム会社から逆に費用などをいただくこともできないか、と思うのですが無理でしょうか。
No.1
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残念ながら、可能性は低いと思います。
流入数と契約成立数とは関係がありません。
宿泊契約の成立率（コンバージョンレート）の実績がなければ、システム会社と交渉する材料がないことになるからです。
No.2
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＞システムを提供している会社（楽天、エクスペディアなど）と取引をすることになると思うのですが、お金の流れはどんな感じになるのでしょうか。
楽天、エクスペディアなどは、確かにアフィリエイトを提供していますが、アフィリエイターに入る金額は１件１％ほどと低額です。
これは、楽天、エクスペディアは、ホテルを経営している訳ではなくてシステム提供を行っている代理業なので、楽天、エクスペディア自体もそれほどホテルから受け取っていない(良くて１０％程度)です。
だから楽天、エクスペディアなどに対して、更にアフィリエイト利率を良くするのは難しいと考えます。サイトに「そこそこ１、２万」程度のアクセスであれば、なかなかどこも相手にしてくれません。膨大なアクセスが集まるようになったサイトであれば、自分がホテルと提携する方がいいと思います。
いずれにせよ、楽天トラベルのAPIが公開されているので、いろいろ試してみては如何でしょうか。
ご回答ありがとうございます。いずれにしても難しそうですね。
参考になりました。
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そうなんですね。わかりました。参考になりました。ありがとうございました。