独自ドメインの設定について

独自ドメインをあるレンタルサーバーに割り当てたいのですが、
ドメインの管理画面からAレコードにIPアドレスを指定すれば、それが可能だということがわかりました。

ただその方法だとApacheで指定したドキュメントルートになります。
ドメインをできればドキュメントルートからいくつか下のサブディレクトリに割り当てたいのですが、
（ドキュメントルートにもドメインを割り当てている状態で）
追加でドキュメントルートのサブディレクトリにドメインを割り当てたい場合、
やはりIPアドレスが複数ないとダメでしょうか。

たとえば、さくらインターネットのスタンダードプランのコンパネからドメインを設定する場合ですと、
複数のドメインをいろいろなサブディレクトリに割り当てることができます。
あれは内部的にどのようにやっているのでしょうか。
参照してるディレクトリは違うのに、逆引きしても同じIPアドレスになります。