eneloop music boosterとエフェクタとEden WTDIで電源接続トラブル

変換器をはずしても同じ症状というのでしたら、コメントで述べられているように電源極性による不具合の可能性が高いですね。

１）共通電源にして、ＷＴＤＩと９Ｖエフェクターの間のライン接続を外してみて、各々が正常に動くのかチェック（これで動作するなら電源極性の不具合でしょう）

２）ライン接続はずした状態でラインのジャック間の電位差をテスターで測って電位差あるなら、ラインを接続する事でショート状態になるのでだめでしょう。

解決策としては、回答に示したスイッチング電源などの入力＋側と、出力－側を接続して

－９Ｖから＋１８Ｖを作って供給することかな。

ただし、この場合もラインのホット側はコンデンサで接続されたＡＣ結合になっていることが条件です。

>なぜかGND同士で6V。ホット同士で2Vです。
GNDどうしで6Vなのは良しとしますが、ホット同士が２Ｖあるのは感心しない結果です。
昔だったらライントランスというものを挟めば良かったのですが、今は絶滅してしまったので
ＧＮＤとホットの両方に無極性コンデンサというものを挟んで繋ぐしかないですかね。
こんな部品です。
　http://akizukidenshi.com/catalog/g/gP-04641/
（機器のインピーダンスが６００Ωより大きければもっと小さい容量でよいです。耐圧は大きい方が音がマシな確率が高いです。）
短くて安いオス＝メス接続ケーブルをちょん切って作ると良いと思います。

＞ラインにコンデンサを挟んだら、高域が減衰したりしませんか？
しません。減衰するとしたら低域側です。
ただしノイズやハムが充分小さいかは未知数です。

コメントには図が入らなかったので新しい回答に入れる場所記載しましたので見てください。