sakuraサーバで.mailfilterで下記のような記述をして受け取ったメールを別プログラムで処理しようとしていますがうまくいきません。なにか解決方法がありますでしょうか

popcall.phpおよびpop.phpが実行されている事は確認できているのでしょうか？
次のQ&Aにあるように、PHPのパスはphpファイルの方で指定するとどうなりますか？

http://q.hatena.ne.jp/1167279986

.mailfilter 600
cc "| /home/*****/www/*****/popcall.php"

popcall.php
<?php
#!/usr/local/bin/php -q

sleep(10);
...



http://faq.sakuratan.com/wiki/wiki.cgi?%a5%e1%a1%bc%a5%eb#i37
『プログラムの実行ディレクトリは.mailfilterのあるディレクトリなので注意。』との事ですので、popcall.phpから実行しているスクリプト(pop.php)で、相対パスを使用している場合は、絶対パスにする必要があるかもしれません。

上記コメントでpopcall.phpでPHPのパスの記述場所を間違えていました。

popcall.php

#!/usr/local/bin/php -q
<?php
sleep(10);
...



特に理由がないのでしたら、「.mailfilter」から直接pop.phpを実行してはいかがでしょうか？

cc "| /usr/local/bin/php -q /home/*****/www/*****/pop.php"

cd でカレントディレクトリを変更してから、pop.phpを実行するとパスを書き換えなくても大丈夫だと思います。

popcall.php

<?php

sleep(10);
exec(cd /home/*****/www/******; /usr/local/bin/php /home/*****/www/******/pop.php);

?>