今、CSVファイルがあります。

環境が分からないので一つはwsh。以下を適当なファイル名+".vbs"で保存してダブルクリック。
ただしテストはしてない。バックアップを忘れないでね。

Option Explicit

Dim folder, file
' "C:\work"を対象ファイルのフォルダ名に変えてください
Set folder = WScript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject").GetFolder("C:\work")

For Each file In folder.Files
    Dim filename, st_new, st_org
    ' 既存のファイルの名前を変更
    filename = file.Name
    file.Name = filename & ".org" ' 確かこれであってたはず
    ' 新しいファイルを作って書き出す
    Set st_new = folder.CreateTextFile(filename) 
    Set st_org = file.OpenAsTextStream(1)
    Do While st_org.AtEndOfStream <> True
        st_new.WriteLine  = filename & "," & st_org.ReadLine
    Loop
    st_org.Close
    st_new.Close
Next

perlが使えるならこっちが簡単。

cd work
perl -p -i.org -e '$_="$ARGV,$_"' *