公共機関におけるオープンソースの活用事例や、公共機関が自ら作成して配布しているオープンソース（例えば、国立情報研究所 http://www.nii.ac.jp のNetCommons ）の調査としてそれなりまとまった論文や記事で、新しいものを教えてください。日経が出している雑誌、なんとか総合研究所、そして、IPAなど公的機関のレポート、学術論文などを探しています。

国立国会図書館で今年の1月6日から正式サービスとして稼働している 国立国会図書館サーチ（NDL Search） は、オープンソースで動いているようです。
国立国会図書館におけるデジタルアーカイブ構築　知の共有を目指して から読める PDF によれば、

ベースとなるシステムには，日本で開発されたオープンソースの統合図書館システムであるNext-L Enjuを採用し，そのほか，Webの収集ロボットであるHeritrix，分散ファイルシステムであるHadoop，連想検索エンジンであるGETAssoc，CMS（Content Management System）であるWordPressといったOSSを活用してシステムを構築している。

との事です。
Next-L Enju に関しては、Project Next-LとNext-L Enju　日本初のオープンソース統合図書館システムの開発と現状 から読める PDF に開発の経緯などの詳細があります。

もう一つ、教育ソフトウェア (Collaboration and Learning Environment) である Sakai を法政大学で導入した事例が、「Sakai を基盤とした全学教育システム構築」
http://bugs.ja-sakai.org/confluence/download/attachments/5308418/JaSakaiConf4_Tokiwa.pdf
で報告されています。
（余談になりますが、Wikipedia の Sakai Project によれば、"Sakai" というネーミングは、料理の鉄人の坂井宏行氏から取ったものだとか）

以上、お役に立てることを祈りつつ。

新井紀子さんの論文や書籍が参考になると思います。
http://researchmap.jp/arai_noriko/?lang=japanese

論文
研究資源・研究情報のエコサイクルの確立を目指して　ReaDとResearchmapの統合がもたらすもの
http://www.jstage.jst.go.jp/article/johokanri/54/9/54_533/_article/-char/ja

Developing the Logical Thinking Ability by Introducing Learners' Mutual Evaluation on an Electronic Bulletin
（英語です）
http://www.actapress.com/Abstract.aspx?paperId=41204
書籍

私にもできちゃった！NetCommons実例でわかるサイト構築: ネットコモンズ公式マニュアル

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