怪しいjsコードを埋められる被害にあっています。sys_engine000.phpというファイルが

Wordpress3.2.1には脆弱性が存在するそうですから、最新バージョンにアップデートするのがよろしいかと。使用プラグインもアップデータが出ていないか確認したほうが良いと思います。
Wordpress3.2.1の脆弱性を狙ったマルウェア - うさぎ文学日記

この記事にある例ではこんな感じのスクリプト（難読化されたiframe）が埋め込まれるらしいです。

sys_engine000.php　のファイルの中をみて何をしてるかですが、
inde.htmlを探し出して、書き換えてるとかですか？

■暫定処置

sys_engine数字.php というのが分かっているので
PHPを実行される前にリダイレクトするとか

sys_engine数字を定期的に監視して削除するとか

inde.htmlに書き込みできないようにするとか
そういう対策をまずしては？

おそらく、何らかの経由で
sys_engine数字.phpファイルをおいて、このファイルを外部からキックするという仕組みのような気がするので・・。

もしそうなら、キックしたアクセスログは残ってる感じがしますがどうでしょうか？


■根本解決

＞サーバーに当方のアクセス権限でFTPやSSHした履歴も
＞残っていませんでした。

ファイルをおけるんだから履歴とかも削除できないのでしょうか？

まあ、その前に、
SSHはする必要はなさそうですし、FTPも使う必要はないかも。

sys_engine数字.php がどのディレクトリに配置されてるかにもよるでしょう。

Wordpress3.2.1には脆弱性を利用するのなら
WP関連のフォルダにおかれると思いますが、
しかし、WPはinde.htmlを使用しないので

こういう攻撃の仕方はしないのでは？

一つずつ可能性をつぶしていくしかないと思いますが・・。

http://q.hatena.ne.jp/answer

ウイルスでは？
http://uirusu.ne.jp

Wordpress には、あまり詳しくないんですけど、root 権限を乗っ取るような脆弱性なんですかね。
そうだったら、もっと大騒ぎになってるような（ｗ

侵入経路を特定して、穴をふさぐのは大切だと思います。
一番目の人が言うように、バージョンアップはしておいた方が良いとは思います。
それに時間がかかるようだったら、対処療法的なやり方ですけど、いくつか思いつきました。

・index.html の書き込み権限を外す
更新するときに、ちょっと面倒ですけど、書き込み権限を外しておけば、
root 権限以外からは、おいそれと内容の更新ができないんじゃないか、と。

・DirectoryIndex を一般的な index なんとかから、一般的じゃないのに変えちゃう
侵入してくるやつが、ありがちな index.html とかを狙ってくるなら、
変な名前のファイルに変えちゃうと、ちょっとしたガードになるんじゃないかなと思います。
http://linux.kororo.jp/cont/server/httpd_conf.php