ＩＮＮＯＳＥＴＵＰで作成したインストーラが思うように動きません。

現在ＩＮＮＯＳＥＴＵＰにてインストーラを作成しています。
従来より使用しているのですが、リモートデスクトップでも使用できるように
改造して欲しいとの要望により、テストをしています。

このインストーラによりインストールされたモジュールを
インストール完了後直ちに起動させる様オプションを設定しています。
（このモジュールはインストール時に書き込んだレジストリを読み込む設計になっています）

リモートデスクトップで接続したＰＣに対し、インストール⇒起動の動作を行った場合
このレジストリの読み込み動作が上手く行えません。
（一旦インストールを完了（終了）し、スタートメニューから起動した場合、
想定通りレジストリを読み込みます。）

なお、リモートデスクトップ接続では無い場合だと、インストールからそのまま起動を行っても
正しく動作を行います。

ＩＮＮＯＳＥＴＵＰ上の設定で回避できるのでしょうか。

日本語のガイドページやマニュアル（英語）を読んでみたのですが答えを発見できませんでした。

何方か、対処方法をご教示いただけませんでしょうか。