朝、山の手線で 電車が満員でも無いのに 乗らずに次の電車を待っている人を見かけるのですが どういう理由なのでしょう？

「乗る電車」を決めているのでしょう例えば、一定の時刻にしている（時間に余裕を持って駅に来ているが、急いで乗る必要なし）。(生活リズム）
乗り継ぎの電車の時間に合わせている。（乗り継ぎ駅では、スムースに乗りたい）

待ち合わせ＝知り合いが乗っている電車待ち、（逆に顔を合わしたくない相手が来た電車に乗っている）

気分・気まぐれ。

座りたいだけでしょう。

山手線も電車によっては終点があります。同じ車両でずっとグルグルまわっている訳ではないんです。時間帯によって、増発したり減らしたり・・・

なので、終点より先の駅に行くときには、次の電車を待った方が、座れる可能性もあり、待つ人もいます。

１列車見送って、列の先頭になると、車輌の中ほど(ドアとドアの間、座席の前)に行ける。
そうすると、吊革もありますし、殺人的混雑じゃないので、比較的ラクです。

そうでなく、
「来た電車に乗り込む」とすると、ドアスペースに立つことになります。
ここは混雑は多い、乗り降りでもみくちゃにされる、吊革が少ない、で
踏んだりけったりです。

座れるメリットがなくとも、１列車待つメリットが、山手線にはあります。
というか、１列車待たなきゃいけないほど、混雑が酷い。