iPhoneのApp Storeの検索結果を取得したいのですが、iTunes Store APIを使っても検索結果の順位が微妙に違い、困っています。

結論を書くと、App Storeのランキングを取得する方法はありません。

これは、Appleが買収したChompの検索エンジンがApp Storeに適用されているけれども（米国では６月、日本でも９月には適用された模様）、iTunes Store APIには適用されていないためです。
いまのところ、iTunes Store APIに適用されるのを待つしかありません。

App Storeはアプリ部門でItunes Storeはコンテンツ部門よ。
統一されていないのだから結果に違いがあっても当然と思うしかないわね。

検索エンジンを理由にしている人もいるみたいだけど、仮に統一されたとして集計方法やタイミングまで統一されるとは限らないわ。
部門間で統一する手間をかけるならどっちかが部門吸収しちゃうほうが会社にとっても利用者にとっても楽になるものね。

回答No.1はこの記事の受け売りね。
http://jp.techcrunch.com/archives/jp20120903app-store-search-ranking/
サーチマンのトップページをみてSEOをキーワードにしたのかしらね。ググったら４つめに出てきたわ。
https://www.google.co.jp/search?q=App+Store+SEO

話を戻すわ。
AppStoreのランキングを手にするアプリもいくつか存在するわ。
でも中で何をやってるのか解らないソフトを使うのも勧めるのも気が引けるわね。
ランキングのページをスクレイピングとかすることを考えたほうが良いと思うわ。

「数日前から日本のApp Storeの検索順位が大きく変わっています」という話を、iOSのApp StoreのSEOためのツールを提供するSearchManの柴田尚樹氏（@shibataism）から聞いた。どうやら、Appleが今年2月に買収したChompの検索エンジンが日本のAppStoreでも有効になったようだ。米国のAppStoreでは、6月に同様に変更が行われたが、その変化とは一言で言えば、「ダウンロード数が多い『強者』により優しく、ロングテールアプリには厳しい」という内容だった。

今回の日本のAppStoreでの検索エンジンアルゴリズム変更はいったいどういったものなのだろうか。検索エンジンのアルゴリズムが公開されているわけではなく、真偽の程は良くわからないので、SearchManで収集しているデータの中から、今回のアルゴリズム変更の前後で、大きく順位が変わった例をいくつか提供してもらった。彼らはApp Storeにある全アプリを対象に、100万キーワードの上位250位までの検索結果順位を毎日取得しているのだそうだ。このデータからキーワードに対してアプリの検索結果の順位に変化が起きているのが理解できると思う。



では今回の変更で順位が落ちてしまったアプリにもう望みが無いのかというと、そうでもないのだと柴田氏は言う。たとえば「デコ」というキーワードでの検索順位の時系列での変化を見ると、今回の8月下旬の大きな変動だけでなく、それ以前にも非常に大きな変動があることがわかる。つまり、Appleは相当頻繁にアルゴリズム調整を行なっているようであり、今後もSEO対策のしようがあるのだそうだ。

http://jp.techcrunch.com/archives/jp20120903app-store-search-ranking/