一つの会社が専門分野ごと（例:弁護士なら相続、過払いで分けるなど）に複数のホームページを持つ場合、会社概要、プライバシーポリシーなど共通する部分が出てきます。

「メインのホームページ」「複数のホームページ」「サブのホームページ」の定義を明らかにしましょう。
一般論として、１つの会社ならドメインは１つに統一すべきです。専門分野毎に違うコンテンツを掲載したいなら、ディレクトリを分けるか、サブドメインを使います。

①上記のケースで複数のホームページで重複する内容が出てきても問題ないですか？

異なるドメインに同じ内容が記載されていると、Googleなどの検索エンジンがスパムと判定することがあります。
コンテンツ内容のメンテナンスを考えても、同じ内容のページは1つに統一して、そこへリンクを張るのが定石です。

②メインのホームページに会社概要、プライバシーポリシーを記載し、サブのホームページは、メインにリンクさせるのは如何でしょうか。

それであれば問題ありません。

③ホームページ全体の体裁を、複数のホームページで共通にするのは良くないのでしょうか？当然、内容やキーワードなどは別にした場合ですが。

①で述べたように、異なるドメインなのに似たような内容／デザインがあると、Googleなどの検索エンジンがスパムと判定することがあります。ドメインが異なるホームページを作るなら、内容／デザインはまったく異なるものにしましょう。
ディレクトリやサブドメインの中であれば、むしろ内容／デザインに統一性を持たせた方がよいでしょう。