はてなツールバーをインストールしたんです。

こちらの環境(Vista ＋ IE9)でも同じ動作でしたので、問い合わせてみました。
はてなサポートから回答があるかもしれませんので、しばらく(※数日)待ってみてください。
私の方に返信があった場合も、この質問で報告します。質問終了後になるかもしれませんが・・・

1ヶ月くらい前に同様の現象に気がついた人が記事にして、その際はてなアイデアに投稿したようです。
http://d.hatena.ne.jp/shirusu/20121110/1352512802
※現在ステータスが「検討中」になっていますので、もしかしたら実装されるかもしれません。
上記アイデアページにあるように、Firefox版では検索エンジンが選択可能になっていますので、IEにこだわらない場合はFirefoxを利用してみてください。(※IEをアンインストールしなくても、FirefoxやGoogle Chromeなど別のブラウザをインストールして使用できます。)
※「はてなアイデア」とは、はてなのサービスに関する不具合を報告したり、要望をアイデアにして投稿するサービスです。(ただし、報告された不具合や要望がすべて対応されるとは限りません。)

アイデアのURLを忘れてました・・・

【「ツールバーfor IE」の検索窓から検索すると「はてなウェブ検索」ではなく「はてなブックマーク検索」の結果しか表示しない。「はてな検索」の結果も表示できるようにして欲しい。】
http://i.hatena.ne.jp/idea/31619

先月25日に返信を頂きましたが、報告を忘れていました・・・
以下の通り、「はてなツールバー for IE」でのはてな検索への対応はいつになるか分からないようです。

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はてなウェブ検索は、下記の告知にもあるように
現在は「はてなブックマーク検索」が表示される仕様となっております。
http://hatena.g.hatena.ne.jp/hatena/20081218/1229580632

したがいまして、人力検索はてなの質問で、
ブックマーク検索になってしまうとのことでしたが、こちらは仕様通りの挙動となります。
また、はてなツールバー for IE でのはてな検索対応につきまして、
お時間がかかる見通しとなっております。
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