質問です

Sub main()
Dim p As String
'対象フォルダを指定してください。
'このフォルダに この実行用のブックは 入れないでください。

p = "C:\test\"

'処理対象となる拡張子を指定して 呼び出します。
Call jikkou(p, "csv")

End Sub


Sub jikkou(p As String, s As String)

Dim bk() As String
Application.DisplayAlerts = False
    
f = Dir(p & "*." & s, vbNormal)

Do While f <> ""
    k = 0
    ReDim bk(k)
 
    ch1 = FreeFile
    Open p & f For Input As #ch1
 
    Do While Not EOF(ch1)           'ファイルの終端かどうかを確認します
        Line Input #ch1, textline  'データ行を読み込みます
        ReDim Preserve bk(k)
        bk(k) = textline
        k = k + 1
    Loop
    Close #ch1
 
    ch2 = FreeFile
    Open p & f For Output As #ch2
    For i = 0 To k - 1
        If bk(i) <> "" Then
            For b = i + 1 To k - 1
                If bk(i) = bk(b) Then
                    bk(b) = ""
                End If
            Next b
            Print #ch2, bk(i)        'データの書き込みをします
        End If
    Next i
    Close #ch2
 
    f = Dir
Loop

Application.DisplayAlerts = True

End Sub

ボタンとかは使わず重複行をすべて削除して重複しないようにしました。
行全体で 重複のチェックをしています。