プログラミングについてです。

まず私は組み込みシステムの開発者でWindows上、UNIX上のシステムに
詳しくないのですが。emacsはエディターでコンパイラではありませんから。
VC++と同列に話すのは不自然ですよ。

VC++をエディターとして使ってるんですか？

第一にUNIX(Linux)とWindowsではテキストのフォーマットが違います。
UNIXは test+LF(←ラインフィード)で
Windowsは test+CR(←キャリッジリターン)+LF(←ラインフィード)です。
データを変換しないとUNIX<->Windowsのファイルは交換できません。

質問者さんの操作で変換されていますか？
変換されてなければ変換しないと行けません。

UNIX(Linux)の上で動作するソースは
インクルードなどが違ってVC++ではコンパイル出来ないでしょう。
#ifdefで切り分けるなりしてコンパイル可能(共用可能)にしないと
行けませんよ。
そうしてますか？

またwindows上に持ってきたソースは拡張子".c"が付いてますか？
Windows上では多くの場合Cのソースは".c"を付け
C++のソースは".cpp"を付けます。

またVC++でコンソールアプリケーションのプロジェクトを作ってますか？

Windowsを使わず家庭でKNOPIXを使って行なう方がいいと思います。
DropboxはLinuxで使うという説明がNETにあったので使えるのだろうと
思いますが。普段Windowsでも使っていないので

まとめるとファイルはきちんと変換されているか？
ソースは#ifdefでUNIXとWindows(VC++)で共通して使えるようになっているか。
拡張子はきちんと付いているか
VC++できちんとコンソールアプリケーションのプロジェクトを作ったか
など