はてなグループについての質問です。

リンク集は、各グループ立ち上げ時にすでにできているキーワード（デフォルトで存在するキーワード）です。
ですので「個別に存在するリンク集」というのがどのことかわかりません。二つあるように見えるのなら、urlを比較してもらえれば、別のものなのかどうかが判別できるとおもいます。
url末尾に/editなどというエディットモードを表す言葉がついていて、そこでは別のリンクが現れる場合、同一のリンク集キーワード内に非公開部分があるということ（片方を消すと両方消える）だとおもいます。