ストップウォッチで出した時間に特定の数字を掛けた結果をHTML上に表示させる方法

kyori() という関数が、どこからも呼ばれてませんけど。
id="sec" の内容が書き換わるタイミングで、id="dis" も変えたい、ということですか？

関数 timer() のところ、

    function timer() {
        document.getElementById('sec').innerHTML = (((new Date()).getTime() - startTime) / 1000).toFixed(2);
        timerId = setTimeout(function() {
            timer();
        }, 100);
    }

を、こんな感じにすれば良いかな？

    function timer() {
        var t  = (((new Date()).getTime() - startTime) / 1000).toFixed(2);
        document.getElementById('sec').innerHTML = t;
        document.getElementById("dis").innerHTML = t * 100 +"m";
        timerId = setTimeout(function() {
            timer();
        }, 100);
    }

＞はい、まさにそういう感じです！
であれば、コメントで書き足した timer() 関数の中身を変更したものを試してみてください。