rt.jarについて

jre5とjre7がPCにインストール済です。
jre5でC\IS\JBKDI\jre5\libとC\IS\IDE\0902\JRE5\libのどちらにも同名、同サイズ、同更新日時のファイルが保存されています。
ファイルコンペアソフトで比較してみてもアクセス日時が違うだけで内容は違いがないことが判明しています。
削除しても問題が無いのであれば片側だけでも削除しようと思っています。（ウイルスチェックが長時間かかる原因になっているため）
この場合、以下のどちらになるのでしょうか？
１．JBKDI配下にあるファイルを削除しても構わない
２．IDE配下にあるファイルを削除しても構わない
３．別々のパスに保存されている＝参照依頼元の設定が異なるので、削除してはならない
４．jre7が優先されるのでJBKDI、IDE配下のどちらのファイルも削除しても良い

設定を変更すれば削除できるようになるということであれば、手順をご教示願います。