Mt.GOXの事件をみていて思うのですが、購入者の履歴がすべてP2Pで共有されているBitcoinを盗すんでも、利用時に盗んだものと判別がつくので使えないのではないか。。と思うのですが、盗んだBitcoinを利用するというのはどのように行うのでしょうか。

ビットコインにはコインの融合と分離という機能があります。
例えば、1000円の価値のあるコインを10円ずつに分けて100人に配ったり、逆に10円の価値のあるコインを100人から一気に受け取って1000円の価値のある1つのコインにするといった機能です。
こういった機能が無いと財布の中身を全部1円玉で持ち歩くような状態になってしまい、いくらコンピュータで行うといっても取引があまりに非効率的になってしまいます。
　
ビットコインの資金洗浄はこの機能を悪用することで譲渡元の数を爆発的に増やし、現実的な時間ではコインの出所を追うことができなくしてしまうといった原理で行われるそうです。
http://gigazine.net/news/20131225-how-to-steal-bitcoin/