HTMLをつかってiphoneのカメラを起動し、撮影した画像をサーバに保存したいと考えています。

分かりにくいね　＞リンク先
というか、どこまで分かって書いているのか。

こんな form を書くと、カメラが起動するよ、ってことでしょう。

<form action="画像を処理する URL" method="post" enctype="multipart/form-data">
    <input type="file" name="photo_data" accept="image/*">
    ...
</form>

サーバ側の処理について調べるなら、例えば php なら、こんな感じでググる。

　　php マルチパート accept*image - Google 検索


その結果だけど、こういったところの方が、まだ参考になるはず。
分かりやすいかどうかは別にして、動きそうなコードが貼ってあるので。

• ｜おやっさんのWEBサイト制作への道
• Safari for iOS 6で写真撮影が可能に、将来の「スマホ対応デザイン」について思う | 秋葉秀樹個人ブログ

multipart について説明しだすと長くなるんだけど、意味が分からなくてもプログラムは作れる（はず）ので、省略。