今度修学旅行で京都に行きます

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京都は高級観光地ですから、１０００円となると、最低限のそばうどんカレーなどになりがちです。
あとは地域性にもより、京都駅周辺や嵐山などはまあまあ安いお店（全国チェーン店ですが）もあるとおもいます。
ご自分の地元でも「お店自体ない」～「駅前なので牛丼やさんなどもある」などいろいろでしょう。
したがっておひるごろ、京都のどこに居るかによります。

元九州人ですが、京都には学生の頃住んでました。それなりに都会ですので、お店はピンきりです。
高級店や観光客向けの店ばかりではなく、学生向けの安めの食堂とかも沢山ありますよ。
ただ、そういうお店をピンポイントで探すのは結構大変なので、お目当ての場所付近で適当に探すのも楽しいと思いますよ。

どうしても事前に探しておきたいなら、今住んでる学生さん経由の情報を漁ると良いかもです。
学生にとって「安くてうまい」は死活問題なので。
たとえば、
http://www.propulsion.kuaero.kyoto-u.ac.jp/%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%83%A1%E4%BC%9A/%E5%90%89%E7%94%B0%E3%82%AD%E3%83%A3%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%B9%E8%BF%91%E8%BE%BA

あと、個人的オススメは先斗町（三条京阪からちょっと歩いたとこ）のみよしってラーメン屋さんが好きでしたね。まだあるのかな？　
何気に京都はラーメン激戦区なので、ちょっと調べてみるとおもしろいかもしれないですね。

あと、関東にも店あるけど、男子学生３人で無難に済ますなら、かつくらとかに行くかなあ。

既出ですが、私も京都でその条件ならラーメンを薦めます。

全国チェーンの始祖となった店もあれば、白味噌ラーメンというのもあるでしょう。
http://tabelog.com/ramen/kyoto/rank/

もう少し京都らしくというのなら、にしんそばという手もあります。

最初の回答でなぽりんさんが何処にいるかにもよると回答していますが、私も同意見です。

四条烏丸なら、ここまでには書きませんでしたが、番屋の海鮮丼が入るでしょう。
http://tabelog.com/kyoto/A2602/A260201/26000842/dtlmenu/photo/
自由時間の行動をまず決め、補足してください。

◎河原町のぼてぢゅう…お好み焼きが美味しい。
◎木屋町のダイニングバーチチ…ハンバーグが美味しい。
◎京都駅前の市場小路伊勢丹店…市内が一望できる。
◎京都駅前の創作厨房菜花亭…ラーメンが美味しい。
◎宇治市の中国料理游鈴…黒酢酢ぶたが美味しい。
どのお店もランチは予算内で十分いけます。