PDF内にある複数のQRコードに埋め込まれたリンクを一括でURLのリストにする方法はないでしょうか？

Ghostscriptを利用すればPDFファイルそのものを解釈して画像として扱えることがわかったので修正しました。ベクタ形式でも問題ありません。

gs エンターと押したときに、そのすぐ下に
GPL Ghostscript 9.14 (2014-03-26)
Copyright (C) 2014 Artifex Software, Inc. All rights reserved.
This software comes with NO WARRANTY: see the file PUBLIC for details.
GS>
と言う文字が出ますか？（背景黒）
それとも、新しいウインドウが開いて上記の文字（背景白）が出ますか？

あとは、新規作成したフォルダにPDFファイルも入っていて、そのファイル名が test.pdf だったとして
zbarimg test.pdf
と打ち込んだらどんな表示が出ますか？

PDFを画像に変換出来てはいますが、バーコードをバーコードとして認識できてないみたいですね。
モデル2のQRコードであれば問題ないと思うんですが…。
QRコードはビットマップと言うことですが、それ単体で QR.bmp みたいな名前で保存して
zbarimg QR.bmp
とやっても読めませんか？
サンプルがあればこちらでも試せるんですけどね…。
ちなみにPDFがちゃんと画像に変換できているかどうかは、下記の内容をPDFファイルのあるフォルダに適当な名前（たとえば CVJ.bat）で保存し、ダブルクリックで起動すれば連番の画像が出力されるのでそれを見ればわかります。

@echo off
for %%F in (*.pdf) do (
 gs -dSAFER -dPARANOIDSAFE -dBATCH -dNOPAUSE -dNOPROMPT -dMaxBitmap=500000000 -dAlignToPixels=0 -dGridFitTT=0 "-sDEVICE=jpeg" "-sOutputFile=%%~nF_cnv%%02d.jpg" "-f%%F"
 goto :EOF
)

一気にというのはどの部分からですか？

そうではなくて、
>目的のPDFからQRコード部分のみを取り出して
>画像を拡大して保存しなおして
この部分もやらなければならないのか、それとも拡大して保存したPDFが有るのか、と言うことです。
後者であれば最初の QR.bat を実行すればいいだけですけどね。

すみません勘違いしてました。パラメータが変わってたんですね。
ではこんなんでどうでしょう？

@echo off
if exist images\nul rd/s/q images
rem if exist QRDATA.txt del QRDATA.txt
md images

for %%F in (*.pdf) do (
 del/q .\images\*.*
 set /P ZBAR="%%F:"<nul
 gs -q -dQUIET -r300 -dSAFER -dPARANOIDSAFE -dBATCH -dNOPAUSE -dNOPROMPT -dMaxBitmap=500000000 -dAlignToPixels=0 -dGridFitTT=0 "-sDEVICE=jpeg" "-sOutputFile=.\images\image%%d.jpg" "-f%%F">nul 2>&1
 if ERRORLEVEL 1 (echo PDFからの変換に失敗しました) else (
  for %%J in (.\images\*.jpg) do (
   zbarimg --raw -q "%%J">>QRDATA.txt
  )
  echo OK
 )
)
rd/s/q images