今ローカルパソコン上でvpn接続で、会社のサーバーへ接続し、そこから毎時0分にデータをダウンロードしてくるvbsプログラムを動かしています。

ローカルでできてvpsでできない（かも）と思う理由が拙者にはわからんでござるよw ましてもう1台の静音PCとか…

Windows Serverであればプログラムは動作する可能性は高いですよ。
ただ、使い勝手がいいかは別問題ですが、クラウドにこだわる必要は無いですので、おっしゃる通り安いPCを用意して同期サーバとしておいて、それに対してVPN接続してはどうでしょうか。
やり方は他にも幾つかありますが、コストと使い勝手を考えると1番簡単で安上がりだと思います。

可能です。こちらのＶＰＳのプランをLightかBasicにすればいいと思います。
http://www.winserver.ne.jp/vps/recommendplan.html

Windows専用アプリを使いたい、24時間自動でプログラムを動かし続けたいという方におすすめです。

また、こちらの比較も参考になると思います。
http://www.s-fact.biz/for-the-windows-server/

こちらのＶＰＳサービスはいかがでございましょうか。
http://winvps.webk.net/vps.html

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普通のパソコンを買うと安いものでも四、五万円はすると存じますので同じ金額で二年以上使える計算でございます。

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