オープンソースのソフトウェアにはたまに第三者が作っている？タイプのポータブル版がありますよね？

まずはオープンソースの意味を理解しましょう。これは単にソースコードを公開するだけでなく、ソースコードを改変する自由、改変後の完成品の配布の自由、を実現するための「ライセンス契約の総称」です。しかしこれ、改変後の公開にあたっても同じライセンスを適用しなければならないという縛りがあり、自ら加えた変更によってできた完成品を製品として公開、商業化する事自体は否定されてはいないものの、改変後のソースもまた同じライセンスで公開する必要があるため、商業ベースには向かないという特徴があります。つまり、実質的には全てがボランティアの善意によって成り立っていると言い換えてもいいです。元々は、フリーソフト（パブリックドメイン）として善意で公開したものが、悪徳業者によって勝手に製品化されたらどうしよう、というところに発想の原点があったります。どのライセンスに従うのかは原作者が決め、以降、コードの改変に携わる人は、他のライセンスに勝手に乗り換える事はできません。原作者以外の第三者が作成し、配布する事もできるのは、こうしたライセンス契約の枠内に留まっているからなのです。

自動更新機能については、同じ人が継続して改変版を提供し続けなければならないため、組織的に行っているところじゃないとまず無理だろうし、基本的にはオープンソースには馴染まないスタイルだと思いますよ。

オープンソースソフトウェアは、第三者が(ライセンスの条件に従って)自由に改変して再配布できるものです。すなわち、「本家」が自動更新機能を提供していたとしても、自動更新機能を持たないバージョンを勝手に作って再配布して構わないということになります。(ライセンスに「再配布時には必ず自動後進機能をつけること」などと書かれているなら別ですが、普通はありません)。

ですから答としては「そういうものです」ということになりますね。本家が組織的に開発してしっかり自動更新していたとしても、改変版は個人がやっているので追いつけない、等という事情は十分にあり得ます。基本的には使う側が「誰が開発しているのか」を見極めて選択する必要があります。

有名所の「PortableApps.com」で配布されているポータブル版に関しては

「再配布可能なオープンソースのソフトウェアまたはフリーウェア」＋「有志の作成したポータブル版のランチャー」

をパッケージして公開しています。ランチャーの方はいわば"勝手に"作っているだけなので、本元の方のアプリが
メジャーバージョンアップ等で動作が変わってしまった時、ポータブル版として動作しなくなる恐れがあるので
アプリ自体に自動更新の機能が備わっていてもポータブル版では意図的にオフにされています。

Firefoxは比較的単純な動作なので、自動更新してしまっても動きますが。