この度新しくPCを購入したのですが、SSD＋HDDのハイブリッドのストレージなんですが、SSD側にプログラムをインストールするのはわかるのですがHDD側の使い方がわからないです。　よくこういった質問サイトを見るのですがデーたをHDDのに入れればいいとか書いてあっても実体験がないので良くわからないです。　極々単純にダウンロードフォルダーをHDDに移動させれば良いという理解で良いでしょうか？　その場合パスを通すとか高度な技がいるのでしょうか？　よくファイルを入れたり移動させたあとの「パスを通す」ってのがよくわからないんですよ。

基本方針としては、OSやアプリ(officeやブラウザ)などデータ量が小さくて反応が早くなって欲しい物はSSDに。大きなデータ(iTunesのバックアップや写真などのデータ)はHDDにというのが基本になります。
恐らくOSはWin7以降だと思うので、
・ダウンロードフォルダをHDDドライブに設定しておく
・写真やムービーなどをHDDのフォルダに収納しておく
・上記のダウンロードフォルダや写真フォルダはタスクバーにピン止めする等で簡単にアクセスできるようにする
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/8366671.html
といった感じの使い方で良いのではないでしょうか。
(僕の場合は使い慣れたMyDocumentフォルダをHDDにつくって、それをピン止めしてます)

より高度な設定(ジャンクション)をすれば1つのフォルダ内にSSDに格納されたファイルとHDDに格納されたファイルを表示して、通常のエクスプローラーのように操作できます。
iTunesのバックアップフォルダのHDD移動にも必要な知識なので、リンクを張っておきます。
http://applian.jp/itunes-backup-file-move/